现代物流在我国是一个新兴行业，目前还未出台任何针对现代物流企业的财务管理的规定或会计核算制度。会计学术界关于如何核算物流企业成本以满足财务会计需要的理论研究和实务探讨还很缺乏，物流学术界热衷的物流管理方向也只是零星涉及物流成本的核算问题，并且仅局限于如何为物流成本管理提供成本信息的研究层面，尚不能为物流企业对外进行财务报告的成本核算提供理论依据和实务指南。因此，各个物流企业根据自己对物流成本概念的理解，运用传统的成本核算方法核算企业成本。由于成本核算的随意性加上传统成本核算方法的局限性，使物流企业所核算的成本信息缺乏准确性和可比性。
资产型、多功能、大规模的第三方物流企业，把对外提供物流服务看成是一种无形产品，把相关物流功能整合成的合同服务作为成本计算对象，比照制造企业细分的成本项目为：直接材料、直接人工、间接费用，而营业费用（包括销售人员的工资和佣金，广告费用，售后服务费）、管理费用（主要是与研究、开发和总体管理有关的费用，如，新的物流服务开发，运输路线、运输方式的优化，仓库储存的优化，针对不同的客户开发不同的增值服务等）作为期间费用。
因为物流企业的直接材料、直接人工占企业总成本的比重很小，而间接费用比重却很大，因此间接费用能否合理分配到成本计算对象至关重要。可他们缺乏合理有效的间接费用分配方法，采用了按月分摊间接费用，削弱了间接费用与各个合同服务之间的关联度，歪曲了各个成本计算对象的成本信息。
传统运输转型的物流企业，如拥有公路运输资产的转型企业，均沿用交通运输企业成本核算方法。其成本计算对象主要有三种类型：一是以业务划分，如货运业务、装卸业务；二是以营运工具划分，如货柜车、散货车、空调车、冷冻车；三是以运输路线来划分，并把成本费用构成细分为：运输营运成本、仓储成本、管理费用。其中，运输营运成本按与成本计算对象的关系，可分为营运直接费用和营运间接费用。运输营运成本与仓储成本的简单累加构成该类企业的物流成本，其缺陷是没有从企业整体业务考虑来确定成本计算对象，无法提供不同业务或者不同客户的成本，也无法计算企业提供增值服务的成本。
当前一些为生产企业从事物料配送、为大型连锁超市从事商品配送的配送中心，采用以营业费用、管理费用、财务费用三项总费用计算企业的成本费用。为了便于客户谈判，通常采用的办法是以上年的实际营运情况，制定一个参照基准费率（上年成本费用总额/上年配送总金额），再根据配送物品具体特征、客户重要性程度、客户的需要等具体情况在基准费率基础上制定浮动费率。业务部门与客户定价基础就是浮动费率加目标利润率。这种成本计算方法只是按月归集实际费用，谈不上成本核算，因为没有确定成本计算对象。
要正确核算物流企业的成本，首先需要明确物流公司成本核算要素，这些要素包括：成本核算对象、成本核算期间、成本计算空间、成本核算计量单位、成本核算方法、成本核算的帐务处理和成本报表七大要素。但成本核算要素的确定又与企业的经营特点密切相关。现代物流企业经营业务的多元化涉及领域广泛，实现方式依靠现代信息技术和高科技手段，其提供服务的特点决定了几个成本计算要素包括成本计算对象、成本计算期、成本计算空间等具有其特性。而这些特性正是物流企业成本核算陷入了困境的根源。
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